ماهی‌قرمزهایی با صورت انسان همراه با پدرشان، فوجیموتو، در دریا زندگی می‌کنند. یکی از این ماهی‌قرمزها تصمیم به ماجراجویی می‌گیرد و کنار صخره می‌آید. پسری به نام سوسوکه او را نجات می‌دهد، نزد خود می‌آورد و نامش را پونیو می‌گذارد. پونیو اندک اندک به دنیا آدم‌ها عادت می‌کند؛ اما او قدرتی جادویی دارد و باعث ایجاد سونامی در شهر ساحلی می‌شود. از همه مهم‌تر همین‌طور پدرش به دنبال اوست. آیا او می‌خواهد در دنیای انسان‌ها بماند یا به دریا برمی‌گردد؟ و آیا او می‌تواند در دنیای انسان‌ها دوام بیاورد؟
وقتی به هایائو میازاکی پیشنهاد شد که فیلمی کاملاً مخصوص کودکان بسازد، ایده‌ی انیمه‌ی پونیو را اندک‌اندک در ذهنش پرورش داد. او به تومونورا، یک شهر ساحلی، رفت و در آن‌جا آثار کامل ناتسومه سوسه‌کی را خواند و به کتابی علاقه پیدا کرد که شخصیت اصلی‌اش سوسوکه نام داشت؛ پسری که در پایین صخره زندگی می‌کرد. سپس شخصیت پونیو را خلق کرد که به عقیده‌ی خودش نماد لطافت است و بعد تصمیم گرفت بخش گرافیک کامپیوتری استودیو جیبلی را کاملاً تعطیل کند و تصاویر انیمیشن را با کمک کاتسویا کوندو، با دست طراحی کند.

زوج افسانه‌ای میازاکی و هیسایشی از موسیقی ریچارد واگنر در تولید انیمه الهام گرفتند؛ برای مثال نام اصلی پونیو در نسخه ژاپنی وقتی هنوز در دریاست، «برونهیلد» (Brünnhilde) است؛ یکی از مهم‌ترین شخصیت‌های اپرای «حلقه نیبلونگ» (Der Ring des Nibelungen) واگنر. هیروکی دوی، یوکی آمامی و توموکو یاماگوچیچ در این انیمه‌ی ساخت سال ۲۰۰۸ صداپیشگی کرده‌اند.

منتقدان از این انیمه استقبال کردند و آن را جادویی و شاعرانه خواندند.